在給某細菌定名，分類作記載和發表時，為了使定名準確和作為分類概念的準則，以純粹活菌（可繁殖）狀態所保存的菌種。相當于動植物分類中的模式標本。在進行細菌等的分類和鑒定時，生理學和生物化學特性十分重要，但若就這些性質進行試驗，就必須應用許多純分離的新細胞。因此，作為分類標準的菌種，也有必要進行純粹分離，并以活菌（可以分裂）狀態保存。在標準菌種中，對于從作過原始記載的作者實際分離或應用的菌株，通過營養繁殖獲得和保存的菌株，稱為正標準菌株。此外，當原作者使用復數菌株，以后的研究者選擇其中之一作為適當的菌株時，稱該菌種為選定標準菌株。當原作者使用的菌株失掉，以后的研究者就新的菌株研究，記載后，確認可以作為國際上正標準菌株的代替菌株時，稱該菌株為新模式菌株。保存菌種時，必須留心不使菌株在保存過程中死亡或發生變異。常用的保存方法是凍結干燥法。模式菌株應由適當的菌種保存機構保存。

　　標準菌種使用注意事項：

　　1、標準菌種是不可以從冰箱中取出直接使用的，需在實驗前進行活化；

　　2、從標準菌株到實驗使用的菌懸液的傳代次數應不得超過5代，以防止過度的傳代增加菌種變異的風險。在2015版藥典“9203藥品微生物實驗室質量管理指導原則”中明確指出：任何形式的轉種均被認為是傳代1次。

　　3、標準菌株復蘇后的一代，一般是不保存的，因為菌種剛剛從凍干粉的狀態復蘇，活性還未恢復到不錯的狀態，再復壯而得的二代菌種，也就是標準儲備菌株，需進行純度和特性的確認，這個確認記錄可證明在操作過程中，菌株未污染雜菌且活性與標準菌株一致。

　　4、保藏時應選擇適宜的菌種保存方法，并注意標示必須清晰明確。由于在試驗過程中，實驗菌種的活性和特性依賴于合適的試驗操作和貯藏條件，大家也越來越重視實驗菌種的狀態，如果保藏方法及管理不善，菌種優良特性便會退化、喪失，甚至導致死亡，就會影響實驗結果。